根據舊的《土地登記辦法》的規定，只有存在以下三種情況時，國土資源部門才能依職權去辦理注銷登記。一是依法收回國有土地使用權，也就是說國有土地使用權經過區縣級行政主體批準收回，批準文件生效時候，如果當事人為未注銷的，土地登記主管部門可以依職權注銷。

《土地登記辦法》

第五十條 有下列情形之一的，可直接辦理注銷登記：

（一）依法收回的國有土地；

（二）依法征收的農民集體土地；

（三）因人民法院、仲裁機構的生效法律文書致使原土地權利消滅，當事人未辦理注銷登記的。

二是依法征收農民集體土地。征收農民集體土地需要根據《土地管理法》的規定，經省級以上行政主體批準征收。批準文件生效之后，原土地所有權人可以去辦理注銷土地的手續。如果原土地所有權人未辦理注銷登記的，土地管理部門可以依職權進行注銷。

三是因法院、仲裁機構生效的案例文書致使原土地使用權滅失的。也就是說通過法院判決生效的，將原來的土地使用權人的所使用的土地判給其他人的這種情況。

如果存在這以上三種情況，征收國有土地、征收集體土地和法院生效的判決文書，依據這種情況下原土地使用權滅失的，當事人未辦理注銷登記的，土地主管部門可以直接辦理注銷登記。

根據《土地登記辦法》第五十八條的規定，國土資源行政主管部門如果發現土地登記記載的事項有錯誤的，應當報主管部門批準后進行更正登記。所以如果發現土地登記與實際情況存在不服的情況下，應當報批更正登記，辦理更正登記之后，原來不相符的土地證進行注銷，辦理注銷手續，并且通知當事人在規定的期限內換證，更換證注銷原來的土地使用權證書。

當事人逾期不辦理的，國土部門報經主管部門批準并公告后原土地證書作廢、廢止，所以根據這個規定，如果土地證與實際情況不相符的，應當是通知其辦理變更手續。

《土地登記辦法》第五十八條 國土資源行政主管部門發現土地登記簿記載的事項確有錯誤的，應當報經人民政府批準后進行更正登記，并書面通知當事人在規定期限內辦理更換或者注銷原土地權利證書的手續。當事人逾期不辦理的，國土資源行政主管部門報經人民政府批準并公告后，原土地權利證書廢止。

更正登記涉及土地權利歸屬的，應當對更正登記結果進行公告。

如果土地使用權沒有滅失，也就不會存在注銷的行為，所以行政機關不能夠以注銷的方式來侵犯土地使用權。尤其是在征收過程中如果權利沒有滅失的情況下，是不能夠進行土地的注銷行為的，而且在其他的情況下也會發生類似的這種情況，土地使用權僅僅是登記和實際的情況不符的，要進行變更而不是注銷。

注：《土地登記辦法》（已于2023年2月1日廢止）

本文法律知識并不代表其法律建議，如遇同類問題應當具體分析。